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HealthAgentBench:用于挑战前沿AI智能体的统一真实医疗环境基准测试套件 HealthAgentBench: A Unified Benchmark Suite of Realistic Agentic Healthcare Environments for Challenging Frontier AI Agents

Qianchu Liu, Sheng Zhang, Guanghui Qin, Jeya Maria Jose Valanarasu, Maximilian Rokuss, Mingyu Lu, Timothy Ossowski, Juan Manuel Zambrano Chaves, Cliff Wong, Peniel Argaw, Yashna Hasija, Mu Wei, Wen-wai Yim, Qin Liu, Zilin Jing, Jason Entenmann, Naoto Usuyama, Tristan Naumann, Hoifung Poon 📅 2026-06-30 👍 7 2026-07-13 08:37
AI智能体 医疗基准测试 多模态评估 端到端推理

包含54个任务的医疗AI智能体基准,测试端到端临床工作流能力

前置知识

AI智能体

AI智能体是能够自主感知环境、做出决策并执行动作以实现目标的系统。与传统的静态输入输出模型不同,智能体可以在复杂环境中进行多步骤交互,使用工具、查询数据库、调用API等。例如,在医疗场景中,智能体可能需要查看CT影像、查询患者历史记录、分析病理切片,然后综合这些信息生成诊断报告。智能体的核心能力包括规划、工具使用、环境探索和任务执行。

本文的核心就是评估AI智能体在真实医疗环境中的能力,理解智能体的工作原理对于理解本文的贡献和局限性至关重要。

终端环境

终端环境是一种基于命令行界面的执行环境,智能体通过输入命令与系统交互。在这种环境中,智能体可以安装软件包、运行脚本、读写文件、查询数据库等。Harbor框架是本文使用的终端环境实现,它将每个任务打包为Docker容器,智能体通过终端命令访问和操作患者数据。这种环境的优势是灵活性高,可以处理各种数据格式,同时与当前主流代码代理的设计匹配。

本文的所有54个任务都基于终端环境设计,理解这种环境的特性和限制有助于理解为什么某些任务对智能体更具挑战性。

端到端临床工作流

端到端临床工作流指的是从原始数据到最终决策的完整过程,中间可能包括多个步骤和决策点。例如,放射科医生的工作流可能包括:查看患者影像、对比历史研究、识别异常、撰写报告、与其他医生会诊。在本文中,智能体需要自主完成这样的完整流程,而不是简单地回答一个预定义的问题。这要求智能体具备规划、策略制定和顺序执行的能力。

本文的关键创新点就是评估智能体在端到端临床工作流中的能力,这与传统的问答式基准测试有本质区别。

研究动机

现有的医疗基准测试存在严重局限性。许多基准测试已经饱和,使得前沿系统之间的差异难以区分。例如,MedQA等传统基准测试主要测量静态问答能力,智能体只需要根据简短的临床病例回答问题即可。然而,真实的医疗应用需要处理复杂的多模态数据,如3D CT体积(通常包含数百张切片)、千兆像素的病理切片、纵向电子健康记录数据库等,这些数据无法完全放入模型的上下文窗口中。此外,现有的以智能体为导向的医疗基准测试,如MedAgentBench和PhysicianBench,范围有限,通常专注于特定任务、模态或预定义的工作流。例如,MedAgentBench专注于结构化EHR数据,AutoMedBench主要关注医学影像,且规定了分阶段的工作流而不是让智能体自主探索。这种缺乏广泛、智能体原生评估的状况,使得难以对前沿系统在医疗领域的能力得出可靠结论。

本文的目标是本文的目标是创建一个统一的、真实的、具有挑战性的基准测试套件,用于评估AI智能体在端到端医疗任务中的能力。具体来说,作者希望构建一个涵盖多种临床工作流阶段(数据管理、诊断、研究、治疗规划)、多种数据模态(2D X光片、3D CT体积、病理全切片图像、自由文本、结构化EHR数据)的基准测试。每个任务都应该模拟真实的临床工作流,智能体需要在最小的指令下,自主探索原始医疗数据,在复杂环境中操作,并执行超越简单提示的多步骤解决方案,例如查询大型临床数据库或解释千兆像素的病理图像。最终目标是提供一个单一、可解释的指标(任务成功率)来衡量每个智能体在HealthAgentBench上的整体性能,使研究人员能够识别优势和改进领域,并跟踪这一快速发展领域的进展。

与已有工作不同的是,本文的独特切入点在于创建一个统一的、可执行的、多模态的基准测试套件,覆盖整个患者旅程。与现有的专注于问答格式、对话模拟或特定临床设置的基准测试不同,HealthAgentBench将真实医疗数据直接暴露给智能体,要求它们在终端环境中自主探索和操作。例如,在X光报告校正任务中,智能体不是简单地回答一个关于X光片的问题,而是需要查看患者的纵向胸部X光历史,检查、缩放和裁剪放射照片,交叉参考先前研究,然后编写修正后的报告。这种设计将智能体的评估从回答问题提升到了执行真实临床工作流,填补了当前评估景观中的关键空白。此外,本文采用了系统化的任务创建工作流,确保每个任务都满足智能体工作流、真实临床工作流、广泛的模态和环境覆盖、可验证性和低随机成功率等标准,这为未来的基准测试提供了可扩展的框架。

核心方法

HealthAgentBench的整体设计思路是创建一个统一的评估框架,每个任务都打包为Docker容器环境,包含三个阶段:容器通过在/data/下暂存患者数据和必要的工件来设置环境;智能体收到自然语言指令;智能体在终端中行动,发出工具调用,直到将解决方案写入/workspace/submission.json。评估在容器外部进行,根据隐藏的专家审查的groundtruth和二元成功标准进行打分。这种容器化框架实例化了所有7个任务类别,每个都有独特的环境。作者提出了一个原则性的任务创建工作流,包括四个顺序阶段:候选任务根据选择标准进行筛选,然后从经过验证的源构建,在一组固定的设计原则下构建,最后在加入套件之前经受创建后检查。技术路线上,作者利用Harbor框架将每个任务打包为终端环境,这种环境可以容纳套件跨越的异构原始患者数据格式,并提供灵活的接口,让智能体检查异构数据格式、调用领域特定软件、查询数据库和组合复杂的工作流。

本文的核心创新点是将真实医疗数据直接暴露给智能体,要求它们在终端环境中自主探索和操作,而不是提供预处理的上下文或预定义的工作流步骤。这与现有基准测试有本质区别。例如,在传统的问答式基准测试中,模型会收到包含相关信息的固定提示,而在HealthAgentBench中,智能体必须自己决定查看哪些文件、以什么顺序查看、调用哪些工具。另一个关键创新点是采用统一的二元成功或失败标准,每个任务都有任务特定的性能指标,但主要指标是任务成功率(即智能体成功解决的基准任务的分数)。这允许跨不同任务的统一比较。此外,作者采用了系统化的任务创建工作流,包括任务选择标准、任务来源、任务设计原则和创建后检查,这确保了基准测试的质量、多样性和挑战性,并提供了可扩展的框架,用于未来的版本。

方法步骤详情

方法步骤的完整描述如下:首先,候选任务必须满足四个选择标准:需要智能体工作流,涉及规划、工具使用、多步骤推理或环境交互,简单的单次LLM提示无法完成;覆盖真实临床工作流,包括数据管理、诊断、事件建模和治疗规划等不同阶段,所有任务都包含真实临床数据;广泛的模态和环境覆盖,套件跨越五种输入模态和多样的临床工作流阶段;可验证且随机成功率低,优先考虑具有客观可验证成功标准的任务,同时确保低随机成功率,通常低于10%。其次,任务从两个来源构建:一是重新设计现有基准,如EHR事件建模改编自EHRSHOT,将原本为人类研究人员设计的任务转换为需要智能体执行整个机器学习工作流的环境;二是通过规则增强或管道包装创建新任务,如EHR数据质量审计通过在MIMIC-IV数据集中注入现实的数据质量问题构建。第三,每个任务都遵循五个设计原则:通用的终端环境,使用Harbor框架打包;高效、代表性的采样,每个任务类别采样5-15个代表性样本;即时数据下载,不重新分发数据和标签;通过构造防作弊,金标签和验证器代码只挂载到验证器步骤,从不进入智能体容器;极简指令,智能体面向的提示只用几句话陈述目标,将策略完全留给智能体;确定任务特定的成功标准,每个任务使用二元成功或失败标准评估。最后,在任务加入套件之前,进行创建后检查,包括在多个前沿智能体上运行基线扫描并检查轨迹,手动和LLM协助审查智能体转录本,以捕获两种失败模式:智能体找到意外的捷径或任务中存在真正的歧义。

技术新颖性

本文的技术新颖性体现在多个方面。首先,HealthAgentBench是第一个统一的、可执行的、多模态的医疗AI智能体基准测试套件,覆盖整个患者旅程和广泛的临床工作流阶段。其次,采用了终端环境设计,这与当前主流代码代理的执行环境匹配,提供了灵活的接口来处理异构数据格式。第三,提出了系统化的任务创建工作流,确保基准测试的质量、多样性和挑战性,这为未来的基准测试提供了可扩展的框架。第四,采用了统一的二元成功或失败标准,允许跨不同任务的统一比较。第五,通过构造防作弊设计,如禁用网络浏览、使智能体可见的标识符不透明、从文件名中清除语料库名称等,确保评估的公正性。最后,对10个前沿智能体进行了全面的评估,揭示了当前系统的重要优势和局限性,特别是在医学影像、大搜索空间和复杂组合推理方面的持续挑战。

HealthAgentBench是智能体医疗AI的统一评估框架。
Figure 1: HealthAgentBench是智能体医疗AI的统一评估框架。
HealthAgentBench任务创建工作流。
Figure 3: HealthAgentBench任务创建工作流。

实验结果

评估结果显示,HealthAgentBench对当前前沿智能体具有高度挑战性。在54个任务的3次尝试(即162次试验)中,表现最佳的智能体Codex GPT-5.5仅达到42%的任务成功率,这意味着只有42%的任务被一致解决,留下了巨大的改进空间。Codex GPT-5.5之后是Copilot CLI运行Opus-4.8和GPT-5.5(36%和35%),然后是最好的原生Claude Code智能体Opus-4.8(32%)。较小的或较旧的模型家族落后,最弱的智能体Codex GPT-5.4-mini仅达到16%的任务成功率。基准测试揭示了跨连续模型世代的清晰而稳定的改进,同时仍远未饱和。更重要的是,智能体harness可以显著影响性能。例如,GPT-5.5的任务成功率在Codex下从42%下降到Copilot CLI下的35%,而Opus-4.8在Claude Code下从32%提高到Copilot CLI下的36%。一个可能的原因是Copilot CLI使用多智能体架构,其中主模型将子任务委托给在固定模型后端上运行的辅助智能体。在成本和墙钟时间方面,表现最佳的智能体不一定是最昂贵或最慢的。令人惊讶的是,最昂贵和最慢的扫描都属于Claude Code智能体(Opus-4.7最昂贵,每个任务$4.8,Sonnet-4.6最慢,每个任务24分钟),然而它们的得分都远低于codex GPT-5.5,后者既更便宜又更快。按任务类别分解性能显示更细致的图像。没有智能体在所有任务中都是普遍最佳选择,任务类别的难度也各不相同。智能体在EHR事件建模和EHR格式转换方面表现良好,这复制了在表格临床数据上构建机器学习管道的研究工作流。在EHR格式转换上,10个智能体中有9个达到100%的任务成功率,成本相对较低,执行时间短。EHR事件建模更具挑战性,成功标准是在一小时时间预算内达到人工工程特征工程基线性能。Claude Code Opus-4.7以78%领先,codex GPT-5.5紧随其后达到72%,而大多数智能体可以实现超过50%的成功率。临床试验匹配和EHR数据质量审计提出了不同的检索挑战。EHR数据质量审计需要智能体识别和纠正错误注入的EHR数据集中的错误,涉及形成关于可能错误的假设并系统检查这些错误。没有任何智能体达到超过50%的任务成功率(最好的Claude Code Opus-4.6达到42%)。临床试验匹配需要智能体从大约400个自由文本试验方案语料库中识别患者符合资格的临床试验。Copilot CLI与Opus-4.8达到最高的任务成功率(67%),其次是Codex GPT-5.5(52%)、Claude Code Opus-4.8(48%)和Copilot CLI与GPT-5.5(44%)。医学影像任务(CT异常分类、X光报告校正和病理肿瘤区域选择)对每个智能体都提出了重大挑战。平均所有codex和claude code智能体,影像任务的平均成功率仅为17%,而文本任务为49%。影像上最强的智能体(Codex GPT-5.5)在三个影像任务上平均仅约35%,没有任何智能体在任何单个影像任务类别上超过40%。Codex GPT系列在影像上的表现总体上比Claude Code系列更好,GPT-5.5显示出显著改进。例如,在病理肿瘤区域选择类别上,GPT-5.5在40%的任务上成功,远超每个其他智能体(最好的Claude Code智能体Opus-4.8和Opus-4.6分别仅达到20%和17%)。

十个前沿智能体在HealthAgentBench上的汇总任务成功率。
Figure 4: 十个前沿智能体在HealthAgentBench上的汇总任务成功率。
十个前沿智能体在7个任务类别上的性能和效率。
Figure 5: 十个前沿智能体在7个任务类别上的性能和效率。
Codex和Claude Code智能体在影像任务与文本任务上的性能。
Figure 6: Codex和Claude Code智能体在影像任务与文本任务上的性能。
查看结构化数据
任务指标本文基线提升
X光报告校正 任务成功率 Codex GPT-5.5约30%,Claude Code Opus-4.8约20% 无直接基线(现有基准测试为问答式) 首次端到端评估,展示智能体自主修正医疗报告的能力
CT异常分类 任务成功率 所有智能体均低于40%,Codex GPT-5.5领先 无直接基线 揭示医学影像仍是智能体的重大挑战
病理肿瘤区域选择 任务成功率 Codex GPT-5.5达40%,Claude Code Opus-4.8达20% 无直接基线 展示Codex GPT-5.5在千兆像素病理图像上的新兴能力
临床试验匹配 任务成功率 Copilot CLI Opus-4.8达67%,Codex GPT-5.5达52% 无直接基线 展示智能体在大规模自由文本语料库中检索和推理的能力
EHR数据质量审计 任务成功率 Claude Code Opus-4.6达42%,其他智能体低于30% 无直接基线 揭示大规模搜索空间和组合推理是主要瓶颈
EHR事件建模 任务成功率 Claude Code Opus-4.7达78%,Codex GPT-5.5达72% EHRSHOT CLMBR基线(AUROC) 展示智能体可以 competitively 匹配人工工程特征工程基线的性能
EHR格式转换 任务成功率 9/10智能体达到100% 无直接基线 展示ETL管道构建对智能体相对容易

局限与改进

作者承认HealthAgentBench不是医疗智能体所有方面的详尽评估。基准测试侧重于特定的任务类别和模态,可能无法捕捉智能体在其他临床场景中的能力。此外,任务难度可能不是均匀分布的,某些任务类别可能更容易或更难,这可能会影响整体成功率的解释。另一个局限性是基准测试的终端环境设计与真实临床环境不同,实际临床系统可能使用图形界面而不是终端命令行界面。虽然作者认为这种选择适合评估而非部署,但可能会限制智能体性能在真实临床设置中的泛化性。作者还指出,某些任务可能存在多种合理的解决方案或有效的金标签,虽然他们进行了创建后检查以捕获这些情况,但可能仍有遗漏。从评估角度看,作者只评估了10个来自两个模型家族的前沿智能体,可能无法代表所有智能体架构或训练方法。此外,作者禁用了网络浏览能力以防止智能体查找金标签,但这也限制了智能体使用外部资源(如医学知识库)的能力,这可能不代表真实应用场景。从个人观察来看,基准测试的成功标准相当严格,要求完全正确的解决方案,这可能低估了智能体的部分能力。例如,在CT异常分类中,智能体必须正确识别每个异常的存在或不存在才能通过任务,这可能是过于严格的要求。此外,基准测试主要评估单智能体场景,没有评估多智能体协作能力,这在复杂临床工作流中可能是重要的。最后,基准测试的7个任务类别虽然覆盖了广泛的临床工作流,但仍然有限,可能无法涵盖智能体在医疗领域的所有潜在应用。

独立分析的弱点

从独立分析的角度来看,本文存在几个可以改进的弱点。首先,虽然基准测试涵盖了54个任务,但每个任务类别的样本量相对较小(5-15个),这可能会影响结果的统计显著性和泛化性。更大的样本量将有助于更可靠地估计智能体性能。其次,基准测试的成功标准相当严格,要求完全正确的解决方案,这可能低估了智能体的部分能力。例如,在临床试验匹配中,智能体必须检索所有符合资格的试验(召回率为1.0)才能通过任务,这在实践中可能是过于严格的要求。一个改进方向是引入部分成功的度量,如召回率、精确率或F1分数,以更好地捕获智能体的部分能力。第三,基准测试主要评估单智能体场景,没有评估多智能体协作能力。在复杂临床工作流中,多个专业智能体(如放射科智能体、病理科智能体、肿瘤科智能体)协作可能是更现实的场景。未来的工作应该包括多智能体协作任务。第四,基准测试的终端环境设计与真实临床环境不同,实际临床系统可能使用图形界面、API调用或其他交互方式。虽然作者认为这种选择适合评估而非部署,但可能会限制智能体性能在真实临床设置中的泛化性。一个改进方向是引入更接近真实临床环境的交互界面,如图形界面模拟或API调用接口。第五,基准测试主要关注任务级别的成功,没有深入分析智能体的决策过程和推理质量。例如,在医学影像任务中,即使智能体最终答案不正确,它的中间推理步骤可能仍然有价值。未来的工作应该包括对智能体决策过程的更细粒度分析。最后,基准测试没有评估智能体的可解释性和可信度,这在医疗应用中是至关重要的。临床医生需要理解智能体的决策过程才能信任其建议。未来的工作应该包括对智能体可解释性的评估。

未来方向

作者提出了几个未来研究方向。首先,他们鼓励未来的工作添加额外的任务和模态,以更好地捕捉智能体在医疗领域能力的全部光谱。例如,可以添加更多医学影像类型(如MRI、超声、核医学),或涵盖更多临床工作流阶段(如长期随访、康复管理)。其次,可以扩展基准测试以包括多智能体协作场景,评估多个专业智能体如何协作解决复杂的临床问题。第三,可以引入更长期、更复杂的多步骤任务,评估智能体的持续学习和适应能力。第四,可以探索智能体在真实临床环境中的性能,而不仅是模拟的终端环境。第五,可以开发更细粒度的评估指标,不仅评估最终答案的正确性,还评估决策过程的质量、推理的深度和策略的有效性。基于本文的成果,可以延伸多个未来研究方向。首先,鉴于医学影像任务对所有智能体都特别具有挑战性,一个明显的方向是研究工具增强或专用视觉后端,以帮助智能体更好地处理医学影像。例如,可以为智能体提供专门的医学影像分析工具,或预训练的医学影像模型作为后端。其次,鉴于大搜索空间和组合推理是主要瓶颈,可以研究更好的搜索策略和推理方法,如层次化搜索、增量推理或元学习。第三,鉴于Codex GPT系列在影像任务上优于Claude Code系列,但在文本任务上相当,可以深入研究模型架构和训练方法对多模态任务性能的影响,以指导未来的模型设计。第四,可以研究智能体在长期、多步骤任务中的持续交互和记忆管理能力,这对真实临床应用至关重要。第五,可以开发更接近真实临床环境的评估设置,如集成到真实的电子健康记录系统或影像归档和通信系统(PACS)中。最后,可以研究智能体在实时临床决策支持中的性能,评估其在动态、时间敏感的环境中的能力。

复现评估

作者在GitHub上发布了基准测试代码(https://github.com/microsoft/HealthAgentBench),这为研究人员复现结果提供了基础。然而,基准测试不重新分发数据和标签,而是提供一键运行脚本在用户提供凭据后从原始源下载数据。这种设计避免了数据重新分发的法律和隐私问题,但增加了复现的复杂性。用户需要获取多个数据源的访问权限,这可能需要时间和资源。从算力角度看,运行完整的基准测试需要相当的资源,因为每个智能体需要进行54个任务的3次尝试(共162次试验),每个任务的平均执行时间为14-24分钟。这意味着完整的基准测试可能需要数天才能完成。此外,某些任务涉及大型数据集(如MIMIC-IV数据集包含超过80万行),需要足够的存储和计算资源。从难度角度看,复现本文的主要结果应该是可行的,因为作者提供了详细的代码和数据下载脚本。然而,复现完整的基线比较可能需要访问不同的LLM API(如GPT-5系列和Claude系列),这可能会产生显著的费用。例如,根据报告,Codex GPT-5.5每个任务成本$2.8,意味着完整的基准测试(162次试验)将成本约$453.6。Claude Code Opus-4.7每个任务成本$4.8,意味着完整的基准测试将成本约$777.6。这对于普通研究人员来说可能是相当昂贵的。此外,某些任务可能需要特定的软件或库(如OpenSlide用于病理切片),这可能需要额外的配置。总体而言,虽然复现本文的主要结果在技术上是可行的,但由于数据访问、计算资源和API成本等因素,实际的复现可能需要相当的时间和资源投入。